Поради спецификата на имобилайзер системите, някои от транспондерните чипове не могат да се копират и трябва да се програмират в автомобила. За целта е необходимо самият автомобил да е на разположение. Операцията по програмирането на чип се извършва със специална апаратура, която програмира компютъра на автомобила, така че да разпознава новия чип. За да се програмира чип към автомобила е необходимо клиента да знае и да носи ПИН кода на колата. В противен случай може да се наложи да се изърши разчитане на ПИН код от самата кола, който е криптиран, което ще оскъпи допълнително услугата.
